Palabras clave
pools
rt PCR
boiling
optimización
Cómo citar
Resumen
Introducción: La OMS declara la pandemia por SARS-CoV-2 en marzo de 2020. A partir de ese momento, se transforma en el gold standard para su diagnóstico la PCR en tiempo real (rt PCR). Ante la demanda excesiva de reactivos y la falta de los mismos, se ensayan alternativas para optimizarlos. Objetivo: Comparar métodos de extracción de ácidos nucleicos: el método tradicional versus la inactivación con calor (boiling) y el procesamiento individual versus la realización de mezclas de muestras (pooling) en el diagnóstico de SARS-CoV-2. Materiales y métodos: Se usaron hisopados nasofaríngeos en medio de transporte para virus o en agua libre de RNasas. Se llevaron a cabo extracción y purificación de ácidos nucleicos por columnas, inactivación de muestras por calentamiento (boiling) y realización de mezclas de muestras de acuerdo con la estrategia de pool en matriz. Resultados: no se evidenciaron diferencias significativas de Ct tanto en las muestras inactivadas por boiling como en los pools de muestras con respecto a los resultados obtenidos por el procedimiento habitual. Discusión: La adopción de estas estrategias permitió optimizar recursos de extracción y tiempo en el diagnóstico de SARS-CoV-2. La realización de pools en formato de matriz se podría aplicar en poblaciones con baja prevalencia de la infección y, por el contrario, la inactivación por boiling se podría utilizar en épocas de alta prevalencia.
Citas
Merindol N, Pépin G, Marchand C, Rheault M, Peterson C, Poirier A et al. SARS-CoV-2 detection by direct rRT-PCR without RNA extraction. J Clin Virol 2020;128:104423.
https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104423
Morecchiato F, Coppi M, Baccani I, Maggini N, Ciccone N, Antonelli A, et al Evaluation of extraction-free RT-PCR methods for faster and zheaper detection of SARS-CoV-2 using two commercial systems. El sevier 2021;112:264-268.
https://doi.org/10.1016/j.ijid.2021.09.046
Perez V, Blohem Pessoa W, Andrade Galvão B, Soares Sousa E, Dejani N, Campana E, et al Evaluation of alternative RNA extraction methods for detection of SARS-CoV-2 in nasopharyngeal samples using the recommended CDC primer-probe set. Elsevier 2021;1(3):100032.
https://doi.org/10.1016/j.jcvp.2021.100032
Ben Ami R, Klochendler A, Seidel M, Sido T, Gurel-Gurevich O, Yassour M et al Large scale implementation of pooled RNA extraction and RT-PCR for SARS-CoV-2. Clin Microbiol Infect 2020;26(9):1248-1253.
https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.06.009
Lohse S, Pfulhl T, Berkó-Göttel B, Geibler T, Gartner B, Smola S et al. Pooling of samples for testing for SARS-CoV-2 in asymptomatic people. Lancet Infect Dis 2020;20(11):1231-1232.
https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30362-5
Shental N, Levy S, Wuvshet V, Skorniakov S, Shalem B, Ottolengui A et al. Efficient high-throughput SARS-CoV-2 testing to detect asymptomatic carriers. Sci Adv 2020;6(37):eabc5961.